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察隅慈巴沟国家级自然保护区的建立,使其丰富的山地生态系统,生物物种以及其所含众多的遗传基因得以保存与发展,为当地经济可持续发展保存了无比珍贵的生物资源。保护区有维管束植物147科549属1392种,其中蕨类植物34科66属143种;裸子植物4科11属24种;被子植物109科472属1225种,野生食用菌238种。保护区内有国家一级保护动物15种,国家二级保护动物36种,其中两栖类1目3科5种;爬行类1目4科12种;鸟类10目27科100种;哺乳类8目8科57种。